Cuando se trabaja con certificaciones de obra, dispones en el mantenimiento de empresa, dentro de la pestaña Opciones, de la posibilidad de activar la funcionalidad de generar facturas certificadas al generar albaranes desde la certificación de obras.
NOTA: Es necesario tener activada también la Facturación certificada en la pestaña Add-ons.

Con ello, desde la opción de Documentos - Certificados de obras, al pulsar en el botón Generar, se crea una factura directamente, con lo que se integra el proceso de certificación de facturas para generarla:
