En primer lugar, existe una configuración en las Series de documentos para indicar que cuando se utilicen estas, se correspondan con:

Utilizando esta serie, podrás registrar contablemente los asientos correspondientes a facturas certificadas por terceros y que quieres registrar en tu contabilidad.
Si utilizas otra serie a la ora de registrar un asiento contable sin dicha configuración, se te mostrará el aviso correspondiente:

La entrada manual de asientos de facturas de venta directamente en contabilidad, siempre debe ser utilizando el campo número factura expedición para indicar el número real de la factura, que corresponderá al asignado por otro software.
De esta forma se evita registrar facturas en Sage 50 con series certificables y que se generen errores con la correlación de contador y fecha.