Existe una tercera opción, que te permite modificar algunos datos de la factura aunque ya se encuentre certificada, aunque se genere un nuevo registro de certificación.
Este proceso no borra ni sustituye la factura original, pero no puedes modificar datos que afecten a importes fiscales, ya que generan un registro de certificación enlazado con la factura inicial de origen.
Para acceder a la opción de modificación, acude a la factura en cuestión desde el menú Documentos - Factura y accede al botón superior Opciones - Facturación certificada - Modificar factura certificada:

En esta pantalla, puedes modificar sólo determinada información que no afecte a información fiscal o líneas e importes de la factura:
- Datos de registro de la factura:
- Descripción factura
- Registro acuerdo de facturación
- Acuerdo sistema informático
- Datos de identificación del cliente:
- Tipo de identificación fiscal
- Datos rectificativa:
- Causa operación no sujeta
- Causa operación exenta
Dispones de dos pestañas diferenciadas en función de la información a modificar relativa al registro de la factura o la identificación del cliente, pulsando Aceptar, se aplicarán los cambios:

NOTA: No es posible de ningún modo modificar ningún dato de los no contenidos en esta pantalla, dado que si necesitas modificar algún dato diferente a estos, se entiende que deberías realizar una factura rectificativa en su lugar.