Como comprobarás, tras la migración se crea el Grupo de empresa en Sage 50 con todos tus datos migrados y el módulo de Contabilidad y add-ons relacionados con los que también pudieras trabajar en tu aplicación anterior (amortizaciones, etc...), pero sin los módulos de Compras o Ventas.

Del mismo modo, en el mantenimiento de la propia empresa, tampoco tendrás visibles opciones relacionadas directamente con la gestión comercial como pueden ser la facturación de cuotas, la facturación electrónica, los contadores de albaranes, pedidos, presupuestos, etc...
Aún así, puedes activar sin coste alguno y si lo necesitas esos apartados correspondientes a la gestión comercial en tu empresa migrada de forma muy sencilla.
Simplemente, debes dirigirte al mantenimiento del grupo de empresa migrado desde el menú Archivos - Grupos de empresa.
Edita el grupo y podrás ver en la primera pestaña "Empresas", un check para seleccionar y de ese modo "Activar gestión comercial":

Tras activarlo, Sage 50 te mostrará un aviso indicando que deberás cerrar y volver a abrir la aplicación para que los cambios sean efectivos:

De ese modo, tras aceptar el mantenimiento del grupo de empresa editado y cerrar Sage 50 para volverlo a abrir, verás como ya tienes disponibles tus módulos de Compras, Ventas y el resto de opciones relacionadas con esa gestión comercial, también en el propio apartado de la configuración de la empresa.
Ten en cuenta que al crear nuevos grupos de empresa o empresas independientes de este grupo migrado (que se creen en nuevos grupos de empresa diferentes y no comparten datos con él), los módulos de Compras, Ventas y Contabilidad siempre estarán visibles, ya que esta situación o posibilidad de activar la gestión comercial sólo se encuentra disponible en los grupos de empresas migrados SOLO de ContaPlus (si migraste ContaPlus+FacturaPlus por ejemplo o en grupos creados en Sage 50 directamente, esa casilla no existe para su activación o desactivación).