En primer paso, es dar de Alta la empresa en SII. Para ello, accederemos al módulo de Inicio, y al menú Administración/Empresas. Nos posicionaremos sobre la empresa con la que vamos a trabajar en SII y pulsaremos en el menú lateral derecho en Alta Empresa SII. 
Comenzamos informando Territorio en que se tributa. Se puede elegir un territorio principal y otro secundario, en este caso, se tendrán que configurar SII para ambos territorios. 
Fechas en SII: - Fecha Alta: Informamos la fecha en que la empresa ha entrado en SII
- Fecha Inicio de datos: Se informa la fecha desde la qué quieres comenzar a enviar registros de factura a la AEAT
- Fecha Fin (Registro Previo GGEE o REDEME o Compentencia): Este campo sólo se rellena cuando por alguna razón, la empresa ha entrado en SII pero no ha sido consciente, para informar ese dato en las facturas comprendidas entre fecha inicio y fecha fin
- Fecha Baja: Se informa la fecha en que la empresa deja de estar en SII.
Fecha Registro contable Facturas Recibidas: Este campos es importante puesto que determina como se computarán los días en el envío de Facturas Recibidas, para cumplir los plazos exigidos por la AEAT. Los registros de Facturas Recibidas deben comunicarse a la AEAT en el plazo de cuatro días naturales de la fechas en que se produzca el registro contable. Para este cómputo de plazo tenemos dos opciones: - Fecha Factura: Es la Fecha del asiento contable

- Fecha Grabación: Es la Fecha que tiene el Sistema (ordenador) el día que se incorpora en el asiento.

Liquidación IVA: Este campos estará activo cuando no tengamos creado el Modelo 303 en nuestra empresa. Aquí se refleja la periodicidad con que presentamos esta liquidación, este valor determinar que los registros de facturas que comunicamos a AEAT quedén englobados en perido mensual o trimestral. Es muy importante, informar el valor correcto o en su caso, revisar que el Modelo 303 lo tenemos dato de alta con la periodicidad que corresponda, mensual o trimestral. Separador de factura / Sin separador de factura: Desde aquí, indicamos como queremos separar o no, la Serie y el número de factura. La correcta selección de estos valores, permitirá el cotejo de información a la AEAT. 
Podemos configurar, si queremos que al acceder a la Preparación del SII, los registros de facturas estén con la marca Preparados para enviar con esto imprimiremos rapidez a esta tarea. Para concluir, debemos seleccionar el Certificado Electrónico con el que realizamos comunicación y envío de registros al SII, sin este valor informado, la comunciación con la AEAT no será posible. 
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